Фамилия Мысягин образована от личного прозвища Мысяга и закрепилась как типичная русская фамилия с патронимическим суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Мысягин буквально означает «сын Мысяги», «тот, кто из рода Мысяги». Такая модель словообразования была широко распространена в северных и центральных русских землях, где фамилии на -ин часто вытесняли более южные формы на -ов.

Происхождение самого прозвища Мысяга имеет две основные версии, и обе заслуживают внимания. Первая связывает его со славянским корнем «мосяг», то есть «латунь» или сплав на основе меди. В этом случае Мысягой называли мастера, который работал с медью и латунью: литейщика, котельщика или чеканщика. Прозвища по ремеслу в XV–XVII веках были естественным способом выделить человека среди односельчан, особенно в торгово-ремесленных слободах, где медное дело ценилось высоко.

Вторая гипотеза отталкивается от нарицательного «мыс» — части суши, выдающейся в воду. Тогда прозвище Мысяга могло получить человек, чей дом стоял на мысу, у излучины реки или на возвышенности у озера. Такая версия выглядит правдоподобной для жителей северных регионов и Поволжья, где рельеф часто определял расположение деревень, а топографические прозвища были не менее распространены, чем профессиональные.

Между двумя версиями нет прямого противоречия: обе объясняют, как прозвище могло возникнуть независимо в разных местностях. Но если опираться на фонетику, версия с «мосягом» кажется более органичной: переход «мосяг» в «мысяг» объясняется аканьем и последующим закреплением написания через «ы», тогда как для производного от «мыс» естественнее было бы ожидать форму Мысов или Мысовой. Поэтому версия о медных дел мастере выглядит предпочтительнее, хотя окончательный ответ, скорее всего, кроется в конкретной истории каждой отдельной ветви рода.

Точное время и место возникновения фамилии Мысягин установить сложно: фамилии в русских землях закреплялись постепенно, на протяжении нескольких столетий, и у разных сословий этот процесс шёл с разной скоростью. Крестьяне и посадские люди часто получали постоянные фамилии лишь в XIX веке, после отмены крепостного права, когда возникла острая необходимость в учёте населения. Поэтому фамилия Мысягин могла оформиться и в XVII, и в XIX веке — в зависимости от того, в какой среде жили её первые носители.

Сама фамилия Мысягин — редкий пример того, как прозвище, сохранившее архаичный корень, дожило до наших дней в фамильной форме. Она не потерялась среди более частотных Мысовых и Мысиных, а сохранила самостоятельное звучание, что делает её ценным памятником живой народной речи и тех словообразовательных моделей, по которым русские люди веками создавали свои родовые имена.