Фамилия Мисягины — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный, здесь мы видим суффикс -ин, что сразу указывает на основу, заканчивающуюся на -а или -я. Значит, в основе лежит слово или имя «Мисяга».

Что такое «Мисяга»? Самое вероятное объяснение — это разговорная, уменьшительная форма крестильного имени Михаил. В народной речи имя Михаил претерпело множество изменений: Миша, Мишаня, Мися (как вариант сокращения). Форма «Мисяга» могла возникнуть по той же модели, что и «Серёга» от Сергей, «Ваняга» от Иван или «Коляга» от Николай. Суффикс -яг(а) в таких прозвищах придавал оттенок фамильярности, иногда — пренебрежения или, наоборот, дружеского расположения. Таким образом, Мисяга — это простонародное, бытовое имя Михаила, а Мисягины — потомки человека, которого в округе звали Мисягой.

Есть и вторая, менее распространённая версия. В северных и сибирских говорах слово «мисяга» могло означать нечто неуклюжее, неповоротливое, либо человека, который делает всё медленно и тяжело, «месит» — от глагола «месить» (тесто, грязь). Если это так, то фамилия произошла от прозвища, данного по характеру или роду занятий. Однако, учитывая, что уменьшительные формы имён были массовым явлением, версия с именем Михаил выглядит более логичной и правдоподобной.

География фамилии неширокая. Мисягины встречаются в основном в центральной России и Поволжье, с заметным скоплением в Нижегородской и соседних областях. Это косвенно подтверждает народное происхождение: в среде крестьян и посадских людей такие «домашние» формы имён и фамилии от них были обычным делом. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — перед нами типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где имя Мисяга было привычным обращением к человеку.