Основой фамилии Митрухина послужило церковное имя Митрофан или Дмитрий. Крестильное мужское имя Митрофан в переводе с греческого означает «слава матери», «найденный матерью». В основу же фамилии Митрухина, вероятно, лег его просторечный вариант – Митруха. Одним из покровителей этого имени считается Святой Митрофан. Также не исключено, что имя Митруха является просторечным вариантом другого крестильного имени греческого происхождения – Дмитрий. Оно переводится как «принадлежащий Деметре». Скорее всего, основатель рода Митрухиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Митруха, со временем получил фамилию Митрухина.