Фамилия Митрухина образована от просторечной формы крестильного имени, и в её основе лежит либо Митрофан, либо Дмитрий. Это два самых вероятных источника, и оба заслуживают внимания.

Имя Митрофан пришло из греческого языка и означает «слава матери» или «найденный матерью». В народной среде это благозвучное, но длинное имя часто сокращали до коротких и привычных форм, одной из которых и стала Митруха. От этой формы и пошла фамилия. Покровителем имени считается Святой Митрофан, первый епископ Константинопольский, живший в IV веке.

Однако версия с именем Дмитрий не менее правдоподобна. Это имя также греческого происхождения и переводится как «принадлежащий Деметре», богине плодородия. В русских говорах имя Дмитрий давало множество уменьшительных форм: Митя, Митюха, Митря, Митруха. Поэтому нельзя исключать, что основатель рода носил именно это имя.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Фамилия Митрухина буквально означает «дочь или жена Митрухи», а изначально, в мужском варианте Митрухин, — «сын Митрухи». Такие фамилии на -ин в русском языке традиционно образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Скорее всего, предки Митрухиных были людьми из простого сословия — крестьянами или посадскими. Использование просторечной, «домашней» формы имени вместо полной церковной указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где было принято называть человека не по святцам, а по обиходному имени, которое он носил в повседневной жизни. Такая практика была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Интересно, что фамилия Митрухина не единственная в этом ряду. От тех же имён образованы родственные фамилии: Митрофанов, Митрохин, Митюхин, Митяев. Все они — звенья одной цепи, разные ответвления от общего корня, и Митрухины занимают здесь своё законное место.