Фамилия Мизенко относится к распространённому типу украинских семейных именований, образованных от личного прозвища с помощью патронимического суффикса -енко. Буквальное значение такой модели — «сын того, кого звали Мизя», то есть Мизенко — это «Мизин сын». Со временем суффикс утратил прямую связь с отчеством и закрепился как неизменяемый фамильный признак, что типично для фамилий, сложившихся в левобережной Украине и на Слобожанщине.

Ядро фамилии — прозвище Мизя, и вокруг него сложилось несколько версий, ни одна из которых не является бесспорной. Самая прямолинейная трактовка выводит Мизю из украинского нарицательного «плакса». В этом случае прозвище отражало бы эмоциональность и чувствительность основателя рода, а фамилия возникла бы как характеристика поведения, данная, скорее всего, в ироничном ключе.

Другая гипотеза связывает прозвище с украинским словом «миза» — так называли усадьбу с хозяйственными постройками, расположенную за городской чертой. Тогда Мизей могли прозвать человека, живущего на хуторе или занимающегося сельским трудом, — прозвище указывало бы на место жительства или род занятий, а не на черты характера.

Есть и третья, более редкая версия, уводящая в диалектную лексику. Она опирается на глагол «мизикать», который в разных говорах означал разные вещи: в оренбургских — «мерцать, издавать слабый свет», в пермских — «щуриться, плохо видеть», а в тверских — «насмехаться». Если следовать этой цепочке, прозвище Мизя могло достаться либо мастеру, делавшему светильники, либо человеку со слабым зрением, либо колкому насмешнику. Эта версия самая шаткая: она опирается на разрозненные диалектные значения, которые могли не пересекаться в одном регионе, поэтому к ней стоит относиться как к любопытному предположению, а не как к установленному факту.

Что важно понимать: прозвище Мизя, каково бы ни было его исходное значение, довольно быстро вытеснило наследственное имя и закрепилось в документах. Фамилия Мизенко фиксируется преимущественно в украинской среде, и её география — от Полтавщины до Кубани, куда фамилию принесли переселенцы. В написании иногда встречается вариант Мызенко, что отражает произносительную особенность — после мягкого согласного звук [и] звучит ближе к [ы], но орфографическая норма закрепила форму с «и».

Таким образом, перед нами типичная украинская патронимическая фамилия, корень которой уходит в прозвище с неоднозначной этимологией. Наиболее вероятным выглядит связь с характером («плакса») или с местом жительства («усадьба за городом»), тогда как диалектные значения глагола «мизикать» остаются периферийной гипотезой.