Фамилия Мизинчук образована по характерной для западных регионов модели с суффиксом -ук/-чук, который в украинской и белорусской ономастике указывает на принадлежность или родство: Мизинчук — сын или потомок Мизина, либо человека с прозвищем Мизин. Суффикс -чук (фонетический вариант -ук после шипящих и некоторых других согласных) широко распространён на Правобережной Украине, в Волынской, Житомирской, Хмельницкой областях, а также на юго-западе Беларуси. Именно там и следует искать корни носителей фамилии.

Основа фамилии — слово «мизин» или «мизина». В русских и украинских говорах «мизина» — это не только «мизинец» (палец), но и прозвище для младшего, самого маленького в семье или в коллективе. Уменьшительное «мизин» могло закрепиться за самым младшим сыном, последним ребёнком, которого так и звали в быту — Мизин. Такая модель прозвищ по порядку рождения (Первак, Вторак, Третьяк, Меньшой, Мизин) — древняя и хорошо прослеживается в документах XVI–XVII веков. Таким образом, Мизинчук — это «внук или сын самого младшего», «потомок Мизина».

Встречается и более редкая версия — от прозвища, связанного с деятельностью: в некоторых говорах «мизинцем» называли небольшой инструмент или деталь, но эта гипотеза слабее, так как не объясняет массовость фамилии и её чёткую географическую привязку к западнорусским землям. Более правдоподобно считать, что предок Мизинчуков был просто самым маленьким или младшим в своей семье — и это прозвище стало родовым.

Фамилия не относится к дворянским или старинным княжеским родам — это типичная крестьянская или казацкая фамилия, возникшая не раньше XVII–XVIII веков, когда суффикс -ук/-чук стал активно вытеснять более архаичные формы на -ов/-ев в украинской среде. Интересно, что однокоренные фамилии Мизин, Мизинов, Мизинцев встречаются гораздо севернее, в центральной России, что лишний раз подчёркивает региональную специфику Мизинчука как фамилии именно украинского происхождения.