Фамилия Мизинина — женская форма, а мужская, Мизинин, образована по самой частотной модели русского именосложения: от основы через суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Мизинин буквально значит «чей?» — «сын Мизины» или «человек из рода Мизины». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Ми́зя, Ми́зяй, Ми́зюта.

Корень миз- в русских говорах даёт сразу несколько значений, и все они — ключ к прозвищу предка. В северных и сибирских диалектах «мизя» — это плакса, нюня, размазня; «мизюрить» — хныкать, капризничать. В южнорусских и украинских говорах «миз» может означать «мелкий», «мелкота» (сравните: «мизинец» — самый маленький палец). Есть и третий вариант: в рязанских и тульских говорах «мизяй» — это вялый, медлительный человек, копуша. Так что прозвище Ми́зя, скорее всего, дали человеку с заметной чертой характера — плаксивостью, медлительностью или невысоким ростом.

Географически фамилия Мизинин тяготеет к северо-востоку Европейской России. Встречается в Вологодской, Кировской, Архангельской областях, а также в Пермском крае. Это косвенно подтверждает диалектную привязку: именно в северных говорах слово «мизя» в значении «плакса» было особенно распространено. Выходит, что предок современных Мизининых жил где-то на Русском Севере или в Приуралье и получил прозвище за мягкий, чувствительный нрав — или, напротив, за то, что был не в ладах с местным представлением о мужской стойкости.

Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Ми́зя не было общеупотребительным: оно сохранилось лишь в узких диалектных зонах и не перешло в массовые фамилии вроде Иванов или Смирнов. Поэтому Мизинины — это, скорее всего, потомки одной или нескольких крестьянских семей из конкретного региона, где прозвище было в ходу. Сословно — почти наверняка крестьяне или посадские люди, потому что такие прозвища, образованные от бытовых черт, редко встречаются у дворянства.

Если отбросить диалектные версии, есть ещё одна, более прозрачная: фамилия могла возникнуть от уменьшительной формы имени Дмитрий — Митя, через местное произношение «Ми́зя» (замена т на з). В некоторых говорах «Митя» звучало как «Ми́зя», и от этого варианта легко образовалась фамилия Мизинин. Эта версия менее вероятна, потому что от Дмитрия чаще образовывали Митины, Митюковы, Митягины, но полностью исключать её нельзя: народная этимология могла переосмыслить имя в прозвище.

Так или иначе, фамилия Мизинина — редкий пример того, как диалектное слово, не попавшее в литературный язык, сохранилось в фамилии. Носительница этой фамилии может с высокой вероятностью считать своими предками крестьян из Вологодчины или Вятки, а прозвище предка — скорее всего, связано с его характером, а не с родом занятий.