Фамилия Мизгунов — из тех, что на первый взгляд кажутся тёмными, но при ближайшем рассмотрении открывают вполне конкретную картину быта и занятий предка. Её основа — слово «мизгун» или «мизгунок», которое в русских говорах (особенно южных и западных) имело два связанных значения. Первое — «гнусавый человек», тот, кто говорит в нос, невнятно, «мизгает». Второе, более вероятное для прозвища, — «хныка», «плакса», «нытик». Глагол «мизгать» означал хныкать, скулить, говорить жалобно, причитая. Таким образом, Мизгуном в крестьянской среде могли прозвать ребёнка или взрослого за привычку капризничать, ныть или говорить с гнусавым оттенком. Прозвища по манере речи и поведения — один из самых распространённых источников русских фамилий, и здесь мы видим именно такой случай.

Суффикс -ов указывает на притяжательную модель: «чей?» — Мизгунов, то есть сын, потомок или человек из рода Мизгуна. Это стандартная патронимическая форма, типичная для центральной России и юга. Фамилия не относится к числу редких, но и массовой не стала: она встречается в основном в областях, где диалектное слово «мизгун» было в ходу — в Рязанской, Тамбовской, Воронежской, отчасти в Курской и Орловской губерниях. Там же фиксируются однокоренные фамилии Мизгирёв, Мизгаев, Мизгунов — все они восходят к одному гнезду слов с корнем «мизг-».

Интересно, что в некоторых говорах «мизгун» могло означать и «вялый, медлительный человек» — от того же корня, что и «мизгирь» (паук-сенокосец, который кажется медлительным). Но основная версия, которую поддерживает и словарь русских фамилий, — именно звуковая характеристика. Сословно это фамилия однозначно крестьянская, без дворянских ответвлений: в ревизских сказках и метрических книгах Мизгуновы — государственные или помещичьи крестьяне, реже мещане. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, и это нормально: большинство русских фамилий именно такие — бытовые, меткие, рассказывающие о человеке без прикрас.