Фамилия Мизяковский — одна из тех, где ясна модель образования, но спорна основа. Построена она по типичной для западнорусских и польских земель модели: корень + суффикс -овск-/-евск- (в варианте -яковск-), который в свою очередь восходит к названию места. То есть Мизяковский — это носитель фамилии, полученной от топонима Мизяково или Мизяков.

Сложность в том, что исходное прозвище или имя Мизяк не имеет единственного толкования. Самое прямое объяснение лежит в диалектах: в некоторых южнорусских и украинских говорах «мизяк» — человек маленького роста, недоросток. Прозвище цепкое, могло закрепиться за предком, а потом дать название деревне. Вторая версия — от крестильного имени. В старых польских и белорусских метриках встречается уменьшительная форма Мизяк от полного имени Михал (Михаил) или даже от Мирон. Третья, менее вероятная, связь с глаголом «мигать» или «мизгать» (щуриться, плохо видеть), но для фамилии на -ский это редкий случай.

Географически фамилия тяготеет к бывшим землям Великого княжества Литовского. В дореволюционных записях Мизяковские встречаются в Волынской, Гродненской и Минской губерниях. В Речи Посполитой топонимы с корнем Мизяк- фиксируются на Волыни и в Подляшье. Если искать конкретное село, то в Гродненской области до сих пор существует деревня Мизяки, и её жители могли получить фамилию по месту жительства.

Сословная принадлежность у Мизяковских могла быть разной. Форма на -ский в XIX веке часто ассоциировалась со шляхтой, но в данном случае это не показатель. В польской шляхте фамилия не фиксируется в гербовниках, а на восточных окраинах Речи Посполитой суффикс -ский нередко присваивался крестьянам и однодворцам при унификации фамилий в XIX веке. Поэтому Мизяковский мог быть как потомком мелкого земянина, так и крестьянина, перешедшего с прозвища на «благородный» суффикс.

Примечательно, что фамилия сохранила редкий переходный элемент -як-: не «Мизовский» и не «Мизаковский», а именно Мизяковский. Это указывает на то, что исходное прозвище Мизяк было широко употребительным и не дало забыть себя в производном топониме.