Фамилия Мнайдарова — редкий пример, где основа, скорее всего, не славянская, а тюркская, и разобрать её стоит именно с этого угла. Сразу бросается в глаза суффикс «-ов», который в русских фамилиях типичен, но здесь он стоит на конце явно заимствованной основы. Исходное слово, от которого пошла фамилия, вероятно, восходит к тюркскому корню «манай» или «мнай», что в ряде тюркских языков (например, казахском, башкирском, татарском) означает «малый, меньшой, младший» или, в переносном смысле, «скромный, незаметный». Вариант с «д» в середине мог возникнуть из-за диалектного произношения или как результат адаптации звука «н» в потоке речи (так называемая эпентеза — вставка звука для удобства произношения).

Таким образом, фамилия Мнайдарова могла образоваться от прозвища Мнайдар (или Манайдар), которое давали младшему сыну в семье, либо человеку невысокого роста или скромного нрава. В тюркской среде прозвища с корнем «манай» нередки и встречаются в составе таких фамилий, как Манаев, Манайкин. Фамилия Мнайдарова — это патроним (по отцу), где суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «сын Мнайдара». Женская форма на «-а» — стандартное русское окончание для фамилий этого типа.

Географически фамилия должна быть привязана к регионам с тюркским населением — Поволжье, Урал, Сибирь, Казахстан. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о локальном происхождении: вероятно, один род или несколько семей в одном селе дали начало этой фамилии. В дореволюционной России такие фамилии нередко фиксировались при переписях у татар, башкир или казахов, перешедших на русские патронимические модели. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Мнайда́рова, хотя в разговорной речи возможны варианты.

С точки зрения этимологии, это не прозвище по профессии или месту, а именно именная фамилия — по личному имени или прозвищу предка. Спорных версий здесь немного: корень «мнай» ясен, а вставка «д» — типичный фонетический процесс. Если бы основа была славянской, мы бы искали связь с диалектным «мнать» (мять) или «мнайда» (какая-то утварь), но это маловероятно из-за отсутствия таких слов в русских говорах. Поэтому наиболее правдоподобное объяснение — тюркское происхождение с семантикой «младший, малый».