Фамилия Мочкарина — женская форма, а мужская, Мочкарин, встречается реже. В центре разбора оказывается основа «мочкар-», которая сразу выводит нас в диалектную лексику и мир прозвищ. Слово «мочка» в русских говорах имело несколько значений: от маленькой серьги или подвески до кисти, пучка ниток, а в некоторых регионах — так называли небольшой лоскут или тряпицу. Суффикс «-ар(ин)» в данном случае указывает на человека, связанного с этим предметом по роду занятий или характерной черте.

Модель образования «основа + -ар(ин)» — не самая частая в русских фамилиях. Она встречается у фамилий, образованных от прозвищ по профессии или действию: например, Токарь — Токарев, но Токарин — уже реже. В случае Мочкарина прозвище Мочкарь мог получить ремесленник, изготавливающий мочки — серьги или кисти для украшения одежды. Вторая, не менее правдоподобная версия: прозвище дали человеку с заметной физической особенностью — например, с серьгой в ухе, что в старину было не только украшением, но и знаком принадлежности к определённой группе (казаки, моряки) или обетом.

В ономастических словарях фамилия Мочкарин не приводится среди широко распространённых, что указывает на её локальный характер. Вероятнее всего, она закрепилась в северных или центральных губерниях России, где диалектное слово «мочка» было в ходу. Встречаются также однокоренные фамилии Мочкин, Мочкалёв — они образованы от тех же корней, но с другими суффиксами. Мочкарин стоит особняком благодаря редкому суффиксу, который мог указывать на принадлежность к конкретному роду или на происхождение от прозвища, оканчивающегося на -арь. Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был либо мастером по изготовлению мелких украшений и аксессуаров, либо человеком, получившим прозвище за внешнюю деталь — серьгу или кисть на поясе.