Фамилия Могубова — женская форма фамилии Могубов, и её происхождение связано с прозвищем или именем, которое в основе лежит в тюркских языках. Корень «могуб» (или «могув») можно возвести к слову «могу», что в ряде тюркских наречий означает «сила», «мощь» или «богатство». Встречается также вариант «могул» — от «могол», то есть «монгол», но для фамилии Могубова это менее вероятно из-за суффикса -ов, который типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ.

Словообразовательная модель проста: к основе «Могуб» добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), то есть «сын Могуба» или «из рода Могуба». Суффикс -ов характерен для русских фамилий, особенно в центральных и южных регионах, где активно шло взаимодействие с тюркским населением. Сама основа могла быть прозвищем, данным человеку за физическую силу, богатство или властность.

Вероятнее всего, фамилия Могубова возникла в среде, где русские и тюркские языки контактировали: Поволжье, Приуралье или Северный Кавказ. Там прозвища вроде «Могуб» бытовали как у русских, так и у татар, башкир или чувашей, а затем через браки или смену сословия переходили в фамилии. Менее правдоподобна версия, что основа — от арабского «магбуб» (любимый), так как суффикс -ов в таком случае нехарактерен для арабского словообразования.

Социально носители фамилии могли быть крестьянами или казаками, так как фамилии на -ов в этих слоях закреплялись позже, в XVII–XIX веках. Дворянских родов с такой фамилией в известных родословных книгах не зафиксировано, что указывает на простонародное происхождение. Географически фамилия редкая, встречается в основном в Оренбургской и Челябинской областях, реже в Татарстане.

В написании стоит обратить внимание на ударение: в фамилии Могубова оно, скорее всего, падает на второй слог (Могу́бова), что характерно для тюркских заимствований с долгим гласным. Если ударение на первый слог (Мо́губова), это могло бы указывать на переосмысление в русском языке под влиянием слова «могучий», но такая форма менее устойчива.