Фамилия Мокарова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Мокаров, образована по самой частотной модели: суффикс -ов присоединён к основе Мокар. Эта модель типична для русских фамилий, возникших как притяжательные прилагательные («чей?» — Мокаров, то есть сын или потомок Мокара).

Разбор начинается с корня. Скорее всего, в основе лежит неканоническое (нецерковное) имя или прозвище Мокар. В русской ономастике известны имена с корнем «мок-», связанные с водой, сыростью или мокрым делом: Мокей, Мокроус, Мокрый. Мокар могло быть вариантом имени Мокей (от греческого «насмешник») или самостоятельным прозвищем человека, работавшего у воды — рыбака, лодочника, перевозчика. В говорах слово «мокар» иногда означало «тот, кто мочит, замачивает» — например, кожевник или красильщик тканей.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским корнем «мокар» (в значении «счастливый, удачливый»). Но для русских фамилий такая основа редка, и если фамилия бытовала в Поволжье или на Урале, где были контакты с тюркскими народами, это могло повлиять, но не стало основным источником. Правдоподобнее всё же славянское происхождение от прозвища по занятию или по внешнему признаку.

Географически фамилия Мокарова встречается нечасто, преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской областях. Это указывает на то, что предки носителей могли быть крестьянами или ремесленниками из тех мест, где реки и болота играли большую роль в хозяйстве. Дворянских родов с такой фамилией в истории не зафиксировано — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XV–XVII веках.

С точки зрения словообразования интересно, что основа Мокар не имеет распространённого суффикса -ин (как Мокин), а именно -ов, что говорит о том, что имя Мокар воспринималось как полное, а не как сокращение от Мокей или Мокий. В редких вариантах встречается написание Макаров, но это уже отдельная фамилия с другим корнем (от имени Макар). Мокарова — самостоятельная, хотя и малочисленная, фамилия с прозрачной, но не единственной этимологией.