Фамилия Мокейкина — женская форма фамилии Мокейкин. В основе её лежит мужское имя Мокей, которое в русской традиции является просторечной формой канонического имени Матфей. Имя Матфей (из древнееврейского «дар Яхве») пришло на Русь с христианством, но в народе быстро обрастало уменьшительными и обиходными вариантами: Матвей, Матюха, Матюша, а наряду с ними — Мокей. Форма Мокей возникла из-за того, что в греческом произношении имя звучало как Маттафия, а в некоторых диалектах начальное «ма» перешло в «мо», а «т» смягчилось до «к».

Модель образования простейшая и типичная для северных и центральных русских земель: к основе Мокей добавили суффикс -к- (указывающий на уменьшительность или обиходность), а затем фамильный суффикс -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях означает принадлежность: «чей?» — «Мокейкин», то есть сын, потомок или человек из семьи Мокейки. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Моке́йкина, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый.

Интересная деталь: в отличие от более ходовых фамилий вроде Матвеев, форма Мокейкин встречается реже. Это говорит о том, что она могла закрепиться в конкретной местности, где имя Мокей было особенно употребительно. По данным ономастов, такие фамилии на -ейкин и -ейкин (Афонейкин, Тимохейкин) характерны для старых псковских и новгородских земель, где сохранялись архаичные диалектные формы имён.

Сословного барьера у фамилии не было: Мокейкины могли быть крестьянами, мещанами или купцами. Поскольку суффикс -ин — признак притяжательной фамилии, она не несёт указания на ремесло или прозвище, а только на имя родоначальника. Первым носителем фамилии был, скорее всего, крестьянин или посадский человек по имени Мокейка — так в быту называли Матфея.

В написании фамилии возможна путаница с однокоренной Мокеевой или Мокеичевой, но Мокейкина стоит особняком: двойной суффикс -к-ин выдаёт именно уменьшительную форму имени, а не прямую отчества от Мокея. Если предок звался просто Мокей, его потомки стали бы Мокеевыми. А если Мокейка — тогда Мокейкины. Это тонкое, но важное различие, которое помогает восстановить, как именно называли основателя рода в его семье.