Фамилия Мокейкин образована от имени Мокей — просторечной формы канонического крестильного имени Мокий. В святцах Мокий — имя нескольких раннехристианских святых, в том числе мученика Мокия Амфипольского. Само имя восходит к греческому «мокос» — «насмешник», «шутник», «острослов». В русском быту форма Мокей закрепилась как уменьшительно-обиходный вариант, а от неё по самой распространённой модели появилась фамилия на -ин: Мокейкин, то есть «чей-то сын, потомок Мокея».

Интересно, что фамилия Мокейкин — не единственный вариант от того же корня. В русских говорах бытуют однокоренные фамилии Мокеев, Мокиев, Мокеичев, Мокеищев. Но Мокейкин выделяется редким суффиксом -кин: он чаще встречается в северных и северо-восточных регионах России (Архангельская, Вологодская, Вятская губернии), где активно использовали уменьшительные формы имени на -ка (Мокейка). То есть по модели «Мокейка → Мокейкин» фамилия указывает на конкретного предка, которого в быту звали Мокейкой — не просто Мокеем, а с ласкательным или пренебрежительным оттенком.

В документах фамилия фиксируется с XVII века. В переписных книгах Вятского уезда 1678 года упоминаются крестьяне Мокейкины — это раннее свидетельство бытования фамилии именно в крестьянской среде. Позже носители встречаются в Зауралье и Сибири, что связано с миграцией северных крестьян в XVIII–XIX веках. Сословно фамилия почти исключительно крестьянская, редко — мещанская; в дворянских родословных она не отмечена.

Спорных версий происхождения у фамилии нет — основа ясна. Единственная альтернатива, которую иногда предлагают в любительских словарях, — связь с диалектным словом «мокей» (неповоротливый, вялый человек). Но это маловероятно: имя Мокей было распространено, а прозвища от него образовывались через другие суффиксы. Поэтому основная и надёжная версия — от крестильного имени Мокий через форму Мокейка.