Фамилия Мохначенко образована от прозвища Мохнач — так в старину могли назвать лохматого, взъерошенного человека. Основа прозвища — слово «мохна», которое В. Даль фиксирует в значении «пучок шерсти или перьев у животных и птиц». Проще говоря, прозвище цеплялось за внешность: человека с густыми, торчащими в разные стороны волосами или бородой вряд ли называли иначе.

Прозвище Мохнач, от которого пошла фамилия, могло выполнять и роль оберега. В народной традиции имя-прозвище с «неприглядным» значением давали ребенку нарочно, как заклинание на будущее: считалось, что злые силы не позарятся на того, кого уже «обозвали» лохматым или неопрятным. Так что за шутливым прозвищем нередко стояла родительская забота, а не насмешка.

Суффикс -енко в фамилии Мохначенко указывает на украинскую модель образования: так формировали фамилии по отцу, буквально «сын Мохнача». Со временем форма Мохначенко закрепилась как наследственная, вытеснив исходное прозвище и в быту, и в официальных бумагах. Подобные фамилии на -енко массово распространились на Левобережной Украине и в южнорусских землях, где украинское влияние было сильным.

Одно из ранних упоминаний однокоренной фамилии относится к концу XV века: в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского записан Мохначев Андрей, крестьянин, 1495 год, Новгород. Это говорит о том, что прозвищная основа была широко известна задолго до того, как от неё начали массово образовываться фамилии в разных регионах. Родственные фамилии — Мохнач, Мохначев, Мохнатов — встречаются и в русских, и в украинских землях, что подтверждает общую, восточнославянскую природу прозвища.