Фамилия Мохнацкий — яркий пример того, как прозвище, данное человеку по внешнему признаку, превратилось в наследственное родовое имя. В основе лежит прилагательное «мохнатый», то есть волосатый, косматый, лохматый. Прозвище Мохнатый или Мохнач давали людям с густыми, торчащими волосами или окладистой бородой. В говорах слово могло относиться и к человеку с грубой, огрубевшей кожей, напоминающей мох, или к нелюдимому, «заросшему» типу.

Словообразовательная модель типична для западнорусских, украинских и польских земель: суффикс -цк-ий (в польской традиции -cki) указывает на принадлежность к месту или лицу. В данном случае Мохнацкий — это «сын Мохнатого» или «человек из рода Мохначей». Фамилия могла возникнуть и от названия населённого пункта вроде Мохначи или Мохнатка, но такие топонимы, скорее всего, сами образованы от того же прозвища.

Интересно, что у фамилии есть «двойник» — Мохнатов. Суффикс -ов показывает, что предок был Мохнатом (ср. «мохнат» — краткая форма прилагательного). Мохнацкий же тяготеет к юго-западному ареалу: современная Беларусь, Украина, восточные области Польши. В польском языке фамилия звучит как Mochnacki, и самый известный её носитель — Мауриций Мохнацкий (1803–1834), историк и публицист, один из идеологов польского восстания 1830 года. Это подтверждает, что фамилия была распространена в шляхетской среде, хотя её основа — простонародное прозвище.

Сословно Мохнацкие могли быть как крестьянами (прозвище давали в деревне), так и мелкой шляхтой. В Российской империи фамилию фиксировали в Волынской, Минской, Гродненской губерниях. Встречается вариант написания с двойным «к» — Мохнацкий, но это скорее опечатка или поздняя русификация.