Фамилия Мохрина — женская форма, а мужская, соответственно, Мохрин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: с помощью притяжательного суффикса -ин, который отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность предку по имени или прозвищу Мохра. В основе фамилии — нецерковное, бытовое имя или прозвище.

Корень «мохр-» восходит к слову «мохор» (или «махор»). В русских говорах так называли кисть, бахрому, висячую нитку или пучок шерсти. Прозвище Мохра могли дать человеку с лохматыми, торчащими волосами, похожими на бахрому, или тому, кто носил одежду с такой отделкой. Реже так называли неопрятного человека — «мохнатого», нечесаного. В словаре Владимира Даля зафиксировано и слово «мохря» — вялый, сонный человек, но это уже другой, хотя и созвучный корень.

Встречается и версия, что прозвище связано с диалектным «мохорь» — так в некоторых областях называли мелкую рыбу, например, пескаря. В таком случае прозвище могло принадлежать невысокому, юркому или незначительному человеку. Эта гипотеза менее вероятна, потому что фамилии от названий мелкой рыбы обычно образуются через суффикс -ев (Мохорев), а не -ин.

Географически фамилия Мохрин тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в Вологодской, Архангельской, Костромской и Кировской областях — там, где диалектная лексика сохранила слово «мохор» в значении «кисть» или «бахрома». Это косвенно подтверждает, что предки носителей фамилии жили в этих краях и получили прозвище по внешнему виду или одежде, а не по рыбе.

Сословной привязки у фамилии нет: Мохриными могли быть и крестьяне, и посадские люди. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия встречается среди государственных крестьян и мещан. В дворянские родословные книги она не попала, что типично для прозвищной фамилии, образованной от простонародного слова.