Фамилия Мокотова — женская форма, мужская — Мокотов. В её основе почти наверняка лежит прозвище или мирское имя, образованное от слова «мокот» или близкого к нему. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «мокот» — это нечто мокрое, сырое, топкое место; так могли назвать болотистый участок, низину, где весной застаивается вода. Человек, живший у такого места или происходивший из болотистой местности, легко получал прозвище Мокот. Суффикс -ов- в фамилии указывает на типичную модель русской фамилии-притяжательности: «чей?» — Мокотов, то есть сын или потомок Мокота.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с диалектным глаголом «мокотать» — делать что-то медленно, копаться, возиться. В этом случае прозвище Мокот дали бы неторопливому, основательному человеку. Однако географическая привязка к влажным местам выглядит убедительнее, так как подобные топонимические прозвища были широко распространены на Русском Севере и в Приуралье.

Фамилия Мокотова встречается нечасто. Её очаги — преимущественно Пермский край, Кировская область и Удмуртия. Это регионы, где сохранились говоры с архаичной лексикой и где болотистая местность — обычное явление. Сословно предки Мокотовых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами. Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано, что подтверждает её народное, бытовое происхождение.

В написании фамилии возможна вариативность: изредка встречается форма Макатова, но она другого корня (от имени Макарий). Мокотова — более устойчивый и прозрачный вариант, прямо указывающий на прозвище предка.