Фамилия Мокшина образована от мужского крестильного имени Мокий, которое в переводе с греческого означает «насмешник». Это имя вошло в русский именослов через церковный календарь, где почитается святой мученик Мокий. От его просторечной формы Мокша и возникла фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность потомку человека с таким именем, то есть буквально «сын Мокши».

Существует и другая версия, но она менее правдоподобна. Согласно ей, в основе лежит прозвище Мокша, которое могло указывать на этническую принадлежность: так называют одну из групп мордвы. В этом случае прозвище либо прямо говорило о национальности человека, либо намекало на его внешнее сходство с представителями этого народа. Однако для русских фамилий гораздо типичнее образование от сокращённых форм крестильных имён, чем от этнонимов, поэтому версия с именем Мокий выглядит убедительнее.

Любопытно, что слово «мокша» встречается и в индуизме, где означает «освобождение» или «избавление» от круга перерождений. Но эта параллель к русской фамилии отношения не имеет: она лишь показывает, как похоже звучат слова в разных языках, не будучи связанными исторически.

Ударение в фамилии обычно падает на первый слог — Мокшина. Встречается и вариант с ударением на втором, но он считается менее распространённым. Среди носителей фамилии преобладают женщины, так как форма Мокшина — женская, а мужская выглядит как Мокшин.