Фамилия Мокшов — редкий случай, когда географическое название почти наверняка легло в основу прозвища, а не наоборот. Корень здесь — «мокш-», и он ведёт не к глаголу «мокнуть» (хотя народная этимология часто подтягивает этот вариант), а к этнониму «мокша» — финно-угорскому народу, живущему на юго-востоке Европейской России, в основном в Мордовии. В русских говорах слово «мокша» закрепилось и как прозвище для выходца из этих земель, и как обозначение человека с характерной внешностью или говором, который отличали от соседей-эрзян.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён: он указывает на принадлежность («чей?»). Таким образом, Мокшов буквально означает «сын Мокши» или «потомок того, кого прозвали Мокшой». В документах XVI–XVII веков, когда шло активное заселение Поволжья и Заволжья, прозвище Мокша встречается в писцовых книгах как именование служилых людей, крестьян и посадских — чаще всего в тех же регионах, где проходила граница расселения мордвы и великороссов.

Версия о происхождении от диалектного глагола «мокшать» (мешкать, медлить) или от названия реки Мокши (правого притока Оки) менее убедительна. Река дала бы фамилию Мокшин (по модели «живущий на Мокше»), а глагольная основа — форму вроде Мокшаев или Мокшов с другим ударением. Филолог Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» относил Мокшова к группе фамилий, образованных от этнических прозвищ, что подтверждает логику основной версии.

Встречаемость фамилии сегодня невысока. Основной ареал — Пензенская, Самарская, Нижегородская области и Мордовия, что совпадает с исторической территорией расселения мокшан. Носители фамилии, скорее всего, потомки тех, кто в XVI–XVIII веках носил прозвище по национальной принадлежности предка — либо обрусевшего мокшанина, либо русского, долго жившего среди мокши и получившего такое прозвище от земляков.