Фамилия Молдобеков — яркий пример тюркской модели образования фамилий, которая сложилась в среде народов Средней Азии, в первую очередь киргизов и казахов. Её основа — составное мужское имя Молдобек, где первая часть «молдо» восходит к арабскому «мулла» (учёный, священнослужитель, грамотный человек), а вторая — «бек» (князь, господин, предводитель). Таким образом, имя Молдобек в буквальном смысле означало «учёный господин» или «князь-грамотей» — титул, который давали либо человеку духовного звания, либо уважаемому наставнику, знатоку письменности и права.

Русский суффикс -ов, добавленный к этой основе, стандартен для фамилий, оформленных по русскому образцу в XIX–XX веках. В Киргизии и Казахстане, где многие фамилии русифицировали при переписях и паспортизации, имена на «бек» (Аманбеков, Турсунбеков, Молдобеков) получили массовое распространение. В отличие от исконно русских фамилий, где суффикс указывает на принадлежность («чей сын?»), здесь он просто адаптирует тюркское имя к русской грамматике.

Интересно, что фамилия Молдобеков практически не встречается за пределами Центральной Азии — её ареал плотно привязан к Киргизии, особенно к южным регионам (Ошская, Джалал-Абадская области). Это говорит о том, что предки носителей фамилии, скорее всего, были оседлыми или полукочевыми жителями Ферганской долины, где исламская учёность и институт мулл имели глубокие корни. В отличие от фамилий, образованных от воинских титулов (например, Батыров), Молдобеков указывает на культурную, а не военную элиту: предок мог быть сельским учителем при медресе, судьёй по шариату или просто уважаемым старейшиной, знающим арабскую письменность.

Споров о происхождении фамилии почти нет — корень прозрачен. Единственное, что иногда вызывает путаницу: в некоторых тюркских языках «молдо» могло обозначать не только муллу, но и любого грамотного человека, даже светского. Поэтому версия о том, что предок был исключительно священнослужителем, не обязательна — он мог быть писцом, переписчиком книг или сборщиком налогов, если умел читать и считать.