Фамилия Молдыбекова — яркий пример того, как русская словообразовательная модель наложилась на тюркское имя. В основе лежит мужское имя Молдыбек, которое состоит из двух частей. Первая — «молды», восходящая к казахскому «молда» (грамотный, учёный, учитель, часто — служитель ислама). Вторая — «бек», распространённый тюркский титул, означающий «господин», «князь», «предводитель». Полное имя Молдыбек можно перевести как «учёный господин» или «бек-учитель». Фамилия образована по русскому патронимическому принципу: к основе добавили суффикс -ов (в женском роде — -ова), что буквально означает «принадлежащий Молдыбеку» или «из рода Молдыбека». Такой переход тюркских имён в русские фамилии массово происходил в XIX — начале XX века, особенно при переписях населения и паспортизации в Казахстане и Средней Азии.

Географически фамилия Молдыбекова почти наверняка казахская. Имя Молдыбек встречается именно в казахской среде, реже — у других тюркских народов (каракалпаков, киргизов). Суффикс -бек в составе имени указывает на традицию, где к имени добавляли социальный маркер статуса — так подчёркивали знатность или уважение к носителю. Впрочем, к XX веку такие имена давали уже не только аристократии, а просто как благозвучные и с хорошим смыслом.

Интересная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий, где основа легко прочитывается без изменений (например, Беков, Молдашев), здесь мы видим стяжение. Исходное «Молдабек» в разговорной речи и при записи могло превратиться в «Молдыбек» — под влиянием местных диалектов или просто из-за упрощения произношения. Поэтому однокоренные фамилии Молдабеков и Молдыбеков — это, скорее всего, варианты одного корня, разошедшиеся в написании при оформлении документов.

Сословно носители фамилии Молдыбекова могли быть из самых разных слоёв: от потомственных «молд» (учителей и религиозных деятелей) до простых кочевников, получивших имя в честь уважаемого предка. Русский суффикс -ова указывает на женскую форму, так что статья адресована женщине. В мужском роде фамилия звучит как Молдыбеков.