Фамилия Молдун — редкий случай, когда основа не оставляет сомнений в своём тюркском происхождении, но точное значение слова ускользает. Скорее всего, в её основе лежит личное имя Молдун, образованное от тюркского «мол» — «обильный, богатый, полный» с добавлением уменьшительного аффикса «-дун». Такая модель широко распространена у народов, говорящих на тюркских языках: имя должно было пожелать ребёнку достатка и сытой жизни. В русской среде фамилия закрепилась без изменений, поскольку суффикс «-ун» на слух воспринимался как часть корня, а не как русский формант, и окончание «-ов» или «-ин» к ней не приросло.

География фамилии узкая и показательная. Наибольшая концентрация носителей Молдун — в Республике Тыва, а также среди тувинцев, живущих в Красноярском крае и Хакасии. Это почти полностью исключает версию о происхождении от русского прозвища или от какого-либо славянского корня. Встречаются единичные случаи на юге России и в Казахстане, что объясняется миграцией тюркского населения в XX веке.

Словообразовательная модель фамилии — это застывшее личное имя или прозвище без патронимического суффикса (так называемая «голая» фамилия). В русской традиции такие фамилии часто давали детям, чей отец был неизвестен, или заимствовали напрямую из языка соседнего народа. В тувинской среде фамилии на «-ун» встречаются реже, чем на «-оол» или «-кыс», что делает Молдун дополнительным маркером невысокого социального статуса предка или его происхождения из окраинных родов.

В ономастических справочниках фамилия не упоминается, что неудивительно: её носителей мало, а письменная фиксация началась поздно — в основном в советских паспортных столах 1930-х годов. Споров о значении нет просто потому, что альтернативные версии (например, от монгольского «молд» — «сталь» или «железо») лингвистически слабы: в монгольском это слово дало бы форму Молд, а не Молдун. Так что самый надёжный ответ — «сын богатого» или «маленький богач», и фамилия эта — не про географию или ремесло, а про надежду на благополучие, вложенную в имя несколько поколений назад.