Фамилия Молдунова — женская форма фамилии Молдунов, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Основа фамилии — «Молдун», а суффикс «-ов» указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Молдунов, то есть потомок человека по прозвищу или имени Молдун.

Самая вероятная версия связывает «Молдун» с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий слово «молду» или «молдун» означает «знающий», «учёный», «грамотный». Чаще всего так называли мулл — мусульманских священнослужителей или учителей. В русских говорах, особенно в регионах с татарским или башкирским населением, слово «молдун» могло закрепиться как прозвище для грамотея, начётчика или просто человека, который умел читать и писать. Таким образом, предок носителей фамилии Молдунов мог быть либо муллой, либо человеком, которого за учёность в шутку или всерьёз прозвали Молдуном.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным русским словом «молда» или «молдун», которое в некоторых областях означало «молодой», «неопытный». В этом случае прозвище могли дать юноше или младшему в семье. Однако эта гипотеза слабее, так как не имеет широкой географической поддержки в ономастических источниках.

Фамилия Молдунова встречается преимущественно в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — в регионах, где исторически был силён тюркский языковой и культурный слой. Это косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения. Если вы ищете свои корни, стоит обратить внимание на населённые пункты Башкортостана, Татарстана, Оренбургской и Челябинской областей.