Фамилия Молчун — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, минуя типичные суффиксы -ов или -ин. В основе лежит древнерусское прозвище Молчун, которое давали человеку неразговорчивому, скрытному или молчаливому по характеру. Такие прозвища на -ун (как Болтун, Ворчун, Говорун) в древности были распространённым способом охарактеризовать человека по яркой поведенческой черте.

Словообразовательная модель здесь нестандартная: фамилия оформлена как чистая основа прозвища, без патронимического суффикса. Это указывает на то, что она могла закрепиться в среде, где фамилии ещё не были строго унифицированы — например, в крестьянской среде северных или сибирских регионов России, где прозвища нередко становились фамилиями напрямую. В официальных документах XVIII-XIX веков такую форму могли записать как есть, без переделки в Молчунов или Молчунин.

Интересно, что фамилия Молчун встречается реже, чем её однокоренные варианты (Молчанов, Молчунов), что делает её более локальной. По данным современных исследований, носители фамилии чаще всего фиксируются в Поволжье и на Урале — регионах, где долго сохранялись архаичные формы фамилий. В словаре Б. Унбегауна подобные «прозвищные» фамилии без суффикса отмечены как характерные для северорусской традиции.

Версия о связи с тюркским или финно-угорским корнем маловероятна: слово «молчун» исконно славянское, общеупотребительное, с прозрачной этимологией от глагола «молчать». Никакого профессионального или социального подтекста у прозвища не было — оно чисто характеризующее, как и большинство древнерусских прозваний. Предок носителя фамилии, скорее всего, был просто неразговорчивым человеком, и эта черта закрепилась за его потомками в виде фамилии.