Фамилия Молчунов образована от прозвища Молчун, которое в русской традиции давали неразговорчивому, немногословному человеку. Основа здесь прозрачна: глагол «молчать» и суффикс -ун, характерный для прозвищ, описывающих характер или манеру поведения (ср. Ворчун, Крикун, Болтун). Суффикс -ов в конце фамилии — стандартный патронимический: так на Руси отвечали на вопрос «чей сын?», то есть Молчунов — это «сын Молчуна».

Интересно, что прозвище Молчун могло иметь не только буквальное значение. В северных и сибирских говорах «молчуном» иногда называли не просто молчаливого, а скрытного, себе на уме человека. В некоторых контекстах слово даже приобретало оттенок «колдун» или «знахарь», поскольку молчание считалось признаком тайного знания. Поэтому не исключено, что предок Молчуновых мог быть не просто тихоней, а человеком, которого остерегались или уважали за замкнутость.

По модели образования фамилия Молчунов — типичный пример «говорящей» фамилии из народной среды. Она не связана с боярскими или дворянскими родами, которые часто брали основу от географических названий или церковных имен. Молчуновы, скорее всего, происходят из крестьян или посадских людей, где прозвища закреплялись за родом по самой заметной черте первого носителя. В документах фамилия встречается с XVII века, преимущественно в центральных и поволжских губерниях.

Сравните с однокоренными фамилиями: Молчанов — самая распространенная, образованная от той же основы через прилагательное «молчаный». Молчунов — более редкий вариант, с суффиксом -ун, который подчеркивает деятеля, то есть не просто молчащего, а того, кто именно молчит как постоянное свойство. Эта деталь делает фамилию более выразительной: предок был не просто тихим, а заядлым молчуном, и это запомнилось окружающим.