Фамилия Молченко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. В XVII–XVIII веках этот суффикс, означавший «маленький», «сын» или «ученик», стал главным способом образования фамилий на Левобережной Украине и в Слобожанщине. Молченко — буквально «сын Молчка» или «потомок того, кого звали Молчко».

Разбираем основу. Молчко — это уменьшительное от прозвища Молчан, а то, в свою очередь, от глагола «молчать». Прозвище Молчан в старину давали человеку неразговорчивому, скрытному или просто спокойному. В русских и украинских землях такое прозвище было распространённым, и от него пошли фамилии Молчанов, Молчановский, Молчанский, а на Украине — Молченко и Молчаненко. Ономасиолог Борис Унбегау в «Русских фамилиях» относит модель на -енко к числу тех, что «не оставляют сомнений в украинском происхождении».

Интересно, что в некоторых говорах «молчко» могло быть не только прозвищем, но и именем-оберегом. Родители могли назвать ребёнка Молчком, чтобы уберечь его от сглаза или злых духов: считалось, что «тихий» ребёнок проживёт дольше и без бед. В дохристианских традициях восточных славян имя с «отрицательным» значением (Некрас, Нелюб, Молчан) давали как защиту — чтобы смерть или болезнь «не заметили» ребёнка. Так что за фамилией Молченко может стоять не столько характер предка, сколько древний обычай.

Географически фамилия чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины — Черкасской, Полтавской, Харьковской, а также в южных регионах России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне и казаки. В реестрах Войска Запорожского попадаются казаки с прозвищем Молчан, и их потомки уже в XIX веке записывались как Молченко. Сословно фамилия преимущественно крестьянская и казачья, хотя встречаются и мещанские ветви.