Фамилия Молинов — редкий случай, когда угадать её происхождение с ходу не получится: слишком разные пути ведут к одной основе. Сразу скажем, что единой и бесспорной версии нет, но можно выделить три главные, и у каждой — своя логика.

Самая конкретная гипотеза — топонимическая. Фамилию могли образовать от названия деревни Молино в Вологодской области. Такая модель типична для русских фамилий: человек, переехавший из Молина в другое место, получал прозвище Молинов, то есть «выходец из Молина». Суффикс -ов здесь работает как указатель принадлежности к роду, чей предок был связан с этим селением.

Вторая версия ведёт к украинскому глаголу «молiння» — «моление, молитва». Прозвище Молино в этом случае могли дать глубоко верующему, набожному человеку, который часто и подолгу молился. Такое прозвище закреплялось за ним в быту, а уже потом, по обычной русской модели, перешло к детям как фамилия Молинов.

Третья гипотеза — самая поэтичная и связана с диалектным произношением. В некоторых говорах безударное «а» после мягкого согласного звучит как «о», поэтому «малина» вполне могла превратиться в «молину». Тогда прозвище Молино давали ребёнку по имени ягоды. В народной традиции такой обережный обычай был распространён: называя младенца именем растения или животного, родители словно «поручали» его природе, чтобы она приняла дитя как своё и передала ему свои лучшие качества — сладость, пользу, жизненную силу. Потомок обладателя такого прозвища и становился Молиновым.

Какая из версий правдоподобнее? Если опираться на частотность, то фамилии от топонимов в русской среде встречаются чаще, чем от редких украинских глаголов. Однако географическая привязка к одной деревне делает эту версию узкой: она объяснила бы происхождение лишь небольшой группы носителей. Версия с «молитвой» и версия с «малиной» могли возникать независимо в разных местах, что для редкой фамилии даже более вероятно. В итоге наиболее честный ответ: фамилия Молинов — многозначная, и её носители, скорее всего, имеют разных предков, получивших одинаковое прозвище по разным причинам.