Основой фамилии Молина послужило церковное имя Ермола. По одной из версий, фамилия Молина произошла от личного мужского имени Моля. Оно является уменьшительной формой канонического имени Ермолай. Это имя было заимствовано из древнегреческого языка и в переводе означает «вестник народа». Скорее всего, основатель рода Молиных был человеком из простого сословия. Есть версия, что фамилия образовалась от прозвища Мола. Даля слово «мола» определяется как «плотина пред гаванью, морская гать, каменная кладка, для защиты кораблей; плотина, гребля, пересыпь». Нельзя исключать, что основатель рода Молиных имел отношение к судоходству. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Моля, со временем получил фамилию Молин.