Фамилия Молоднякова образована от прозвища или нецерковного имени Молодняк. Основа здесь — слово «молодняк», которое в русских говорах имело несколько значений: молодой лес, молодое поколение людей или скота, а в некоторых регионах — молодой работник, парень. Скорее всего, прозвище давали самому младшему в семье, подростку или человеку, который выглядел моложе своих лет. В крестьянской среде, где детей называли по возрасту и положению в семье, такое прозвище было естественным: Большак, Середняк, Меньшак, Молодняк.

Суффикс -ов- в фамилии Молоднякова указывает на типичную модель образования русских фамилий: сначала появилось отчество Молодняков («сын Молодняка»), а затем, при передаче по женской линии, к нему добавили окончание -а. То есть Молоднякова — это «дочь или жена Молоднякова». Фамилия принадлежит к числу так называемых «патронимических» (по отцу), которые составляют основу русского фамильного фонда.

Интересная особенность — фамилия Молоднякова встречается реже, чем её мужской вариант Молодняков. Это связано с тем, что в официальных документах до XX века женщин часто записывали только по отцу, и фамилия в женской форме фиксировалась не так массово. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, особенно к Воронежской и Ростовской областям, где слово «молодняк» в значении «молодёжь» было особенно употребительным.

Из однокоренных фамилий можно назвать Молодцов, Молодкин, Молодяков. Они все восходят к разным формам того же корня «молод-», но Молоднякова стоит особняком: если Молодцов чаще связывали с качеством «молодец», то Молоднякова прямо указывает на возрастную группу или даже на профессию — пастуха молодняка скота. Второе значение, хоть и менее распространённое, не стоит сбрасывать со счетов: в некоторых говорах «молодняком» называли пастуха, который пас молодых телят или жеребят.

Точных сведений о дворянском или купеческом происхождении фамилии нет. Скорее всего, Молодняковы были крестьянами или однодворцами — сословием, которое сочетал черты крестьян и мелких землевладельцев. В документах XVII–XVIII веков фамилия не прослеживается, что тоже говорит в пользу её более позднего, крестьянского происхождения.