Фамилия Молодожан — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не нуждается в расшифровке. Перед нами типичное «говорящее» прозвище: молодожан — это то же, что молодожён, то есть человек, недавно вступивший в брак. В старину такое прозвище могли дать не только по прямому поводу — сразу после свадьбы, — но и по иронии: например, мужчине, который женился в зрелом возрасте, или тому, кто слишком часто менял жён.

Словообразовательная модель здесь необычна для русских фамилий. Суффикс -ан (в форме -жан) встречается в украинских и южнорусских фамилиях, образованных от прозвищ на -ан: Бороздан, Горожан, Молодожан. В отличие от стандартных русских фамилий на -ов/-ев, эта модель сохранила исходное прозвище почти без изменений. Фамилия на -ан скорее указывает на украинское или белорусское происхождение рода, хотя могла возникнуть и в южных областях России, где влияние украинской антропонимии было сильным.

Географически фамилия Молодожан встречается преимущественно на юге России, в Краснодарском крае, Ростовской области, а также на востоке Украины. Это не фамилия дворянского сословия: прозвища, связанные с бытовыми ситуациями, чаще всего закреплялись за крестьянами и казаками. В казачьей среде, где семейный статус имел общественное значение, прозвище «Молодожан» могло быть особенно уместным.

Интересно, что фамилия не перешла в форму Молодожёнов, хотя логически напрашивалось именно такое оформление. Сохранение суффикса -ан говорит о том, что прозвище закрепилось в документах раньше, чем начала действовать стандартная модель образования фамилий через -ов. Это косвенно указывает на раннюю фиксацию — возможно, ещё в XVII веке, когда на южных рубежах России переписывали население «по прозвищам».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Молодожан стоит особняком. Есть Молодожников (от «молодожник» — молодой человек), есть Молодожёнов — но все они образованы по стандартным моделям. Молодожан — архаичная, «живая» форма, которая не подчинилась позднейшей унификации.