Фамилия Молодушкин восходит к прозвищу Молодушка. Молодушкой в русских диалектах называют замужнюю нестарую женщину лет до сорока. Таким образом, возможно, что фамилию Молодушкин получил человек, рождённый самостоятельной женщиной. Кроме того, восточные славяне молодушкой называют женщину, принесшую в первых родах мальчика. То есть не исключено, что именно этот факт повлиял на появление фамилии Молодушкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Молодушка, со временем получил фамилию Молодушкин.