Фамилия Молодушкин образована от прозвища Молодушка — так в русских говорах называли замужнюю женщину нестарого возраста, обычно до сорока лет. Прозвище могли дать по разным причинам, и тут открывается простор для догадок.

Самая прямая версия: Молодушкой называли женщину, которая выглядела моложе своих лет или, наоборот, рано вышла замуж и долго оставалась «молодухой» в глазах соседей. Но есть и более любопытное значение. У восточных славян молодушкой величали женщину, родившую в первых родах мальчика. Такой факт в крестьянской среде не проходил незамеченным — матери наследника могли дать уважительное или памятливое прозвище, которое затем закрепилось за всей семьёй.

Именно женское прозвище, а не мужское, лежит в основе фамилии. Это не редкость: фамилии по матери или бабке возникали, когда женщина вела хозяйство одна, была вдовой или солдаткой, либо когда её личность перевешивала в семейной истории. Возможно, родоначальник Молодушкиных был рождён самостоятельной женщиной, и окружающие запомнили её именно так — по прозвищу Молодушка.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: к основе Молодушк- добавили суффикс принадлежности -ин, который указывает на «сына Молодушки» или «человека из семьи Молодушки». Аналогичным путём возникли фамилии Бабушкин, Матушкин, Сестрин — все они хранят память о женщине-родоначальнице.

Интересно, что фамилия не получила распространения в дворянской среде — это однозначно крестьянское или мещанское прозвание. В документах XVII–XIX веков такие фамилии фиксировали в основном за податными сословиями, и Молодушкины, скорее всего, были вольными или крепостными крестьянами центральной России. Точной географии бытования фамилии нет, но по созвучию с диалектным словом можно предположить северное или среднерусское происхождение, где слово «молодушка» бытовало особенно широко.

Встречается и вариант написания Молодошкин — через «о» во втором слоге. Это не ошибка, а следствие аканья: в безударной позиции «у» и «о» звучали одинаково, и писари на слух могли зафиксировать любую букву. Обе формы — законные наследники одного прозвища.