Фамилия Морачева — женская форма фамилии Морачев, и разбирать её нужно через мужскую основу. Перед нами типичная русская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий. Если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный, мы бы видели суффикс -ов, поэтому написание через «ч» здесь не случайность, а прямое указание на звучание исходного прозвища или имени — Морач.

Корень фамилии неоднозначен, и ономасты обычно предлагают две основные версии. Первая связывает именование Морач с глаголом «марать». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. Даля этот глагол означает «пачкать, грязнить, чернить, мазать». Отсюда прямое прозвище Марач — человек неаккуратный, неряшливый, тот, кто пачкает. Однако у того же глагола было и второе, профессиональное значение: «писать начерно, чернить бумагу; черкать, вычеркивать и исправлять написанное». В этом смысле Марач — прозвище писца или писателя, человека, который по роду занятий постоянно «марает» бумагу. Такая версия выглядит правдоподобной, поскольку прозвища по профессии давали не реже, чем по характеру.

Вторая версия — топонимическая. Именование Морачев могло указывать на выходца из селения с похожим названием: Морачево в России, Морачи в Черногории, Марачи в Белоруссии, Марачево в России. В этом случае фамилия отвечала на вопрос «откуда человек?» и закреплялась за тем, кто перебрался в другое место. Спор между версиями решается в пользу прозвищной: глагол «марать» широко бытовал в народной речи, а вот конкретное село Морачево, которое дало бы устойчивую фамилию, в центральной России не настолько известно, чтобы считать его главным источником.

В исторических документах фамилия встречается. В Книге памяти Калужской области записан Морачев Захар Сергеевич, родившийся в 1899 году в Московской области, в деревне Алферово. Это подтверждает, что фамилия бытовала в центральных губерниях России ещё до революции и не была редкой в среде крестьянства и мещанства.

Стоит обратить внимание и на чередование гласных: Морачев и Марачев — варианты одной фамилии, которые могли сосуществовать даже в пределах одной семьи. На письме «о» и «а» в безударной позиции звучали одинаково, поэтому писарь или сам носитель мог записать фамилию по-разному. Это типичная ситуация для русских фамилий, и она не меняет их смысла.