Фамилия Мордакин образована от личного прозвища Мордак и относится к распространенному типу русских фамилий, построенных по модели «прозвище + суффикс -ин». Суффикс -ин в русской ономастике указывает на принадлежность: Мордакин буквально означает «сын Мордака», «тот, кто из рода Мордака». Такая модель была типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин встречались чаще, чем на юге и в Поволжье.

По одной из версий, в основе прозвища Мордак лежит слово «мордасы». По-видимому, оно имело некогда увеличительно-презрительное значение «надутая щека». Таким образом, Мордаком могли называть и полного, и надутого, напыщенного человека, гордеца. Эта версия выглядит правдоподобнее: прозвища по внешности или характеру были в ходу повсеместно, а слово «мордасы» (в значении «щеки», «скулы») встречается в русских говорах и диалектной лексике.

Менее вероятно, но не исключено, что прозвище Мордак образовано от именования древнего племени мордва — угро-финской народности, обитающей в бассейнах рек Мокши и Суры, а также в междуречье Волги и Белой. В таком случае основатель рода Мордакиных был мордвин по национальности или жил в краях, населенных мордвой, за что и получил прозвище Мордак. Однако здесь есть фонетическое препятствие: переход «мордв-» в «морд-» нехарактерен для русских говоров, обычно такие названия сохраняли вставной звук «в» (ср. Мордвинов, Мордвинкин). Поэтому версия о «мордасах» остается основной.

Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мордак, со временем получил фамилию Мордакин. О точном месте и времени возникновения фамилии Мордакин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. В документах XVI–XVII веков подобные прозвища встречаются в писцовых книгах, но конкретных записей о Мордакиных мы не имеем. Тем не менее, фамилия Мордакин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры, а ее носители могут считать себя наследниками либо крепкого посадского человека с тяжелым нравом, либо выходца из мордовских земель — в зависимости от того, какая версия им ближе.