Фамилия Мордакина — женская форма фамилии Мордакин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Мордак. Слово «морда» в русских говорах имело не только прямое значение «лицо животного», но и переносное — «рыло», «нос», а также могло относиться к человеку с крупными или грубыми чертами лица. Суффикс -ак (-як) в русских прозвищах часто придавал слову оттенок характерности: Мордак — тот, у кого приметная морда, либо же человек с резким, «мордатым» нравом.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, Мордакина относится к типу на -ин. Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где прозвища, оканчивающиеся на -а, -я, давали притяжательную форму с суффиксом -ин: чей? — Мордакин. То есть буквально «сын Мордака» или «из дома Мордака».

Версия о связи с тюркским или финно-угорским корнем маловероятна: слово «морда» — исконно славянское, а прозвища от частей тела в русской ономастике встречаются сплошь и рядом (Лобан, Носов, Щекин). Поэтому искать в основе что-то экзотическое не стоит.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «мордак» могло означать не только лицо, но и рыбу (например, бычка-мордака), а также утолщение на конце чего-либо. Если предок был рыбаком или жил у водоёма, прозвище могло закрепиться за ним по роду занятий. Однако самая простая и достоверная версия — внешняя особенность.

Известных носителей фамилии Мордакина в открытых источниках немного, что говорит о её относительной редкости и локальном бытовании. Встречается она в основном в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, куда в XVII–XIX веках переселялись крестьяне из центральной России.