Фамилия Мордакин образована от прозвища Мордак, и в её основе лежит скорее всего слово «мордасы». Оно имело увеличительно-презрительное значение «надутая щека». Поэтому Мордаком могли прозвать полного человека с округлым лицом либо того, кто постоянно дулся, держал себя напыщенно, — попросту гордеца. Прозвища такого типа на Руси давались не в обиду, а как меткая бытовая характеристика, которая закреплялась за человеком и переходила к его детям.

Менее вероятна, но не исключена связь с названием древнего племени мордва — угро-финской народности, обитавшей в бассейнах рек Мокши и Суры, а также в междуречье Волги и Белой. В этом случае основатель рода Мордакиных мог быть мордвином по национальности или жить в краях, населённых мордвой, за что и получил прозвище Мордак. Однако эта версия уступает первой: слово «мордасы» встречается в говорах чаще, и модель прозвищ от черт внешности или характера для русской антропонимии привычнее, чем этнические ярлыки.

Сам суффикс -ак в прозвище Мордак придавал слову разговорный, даже фамильярный оттенок — так образовывались названия людей по яркому признаку. А фамилия Мордакин появилась стандартным путём: потомок человека с прозвищем Мордак стал Мордакиным. Форма на -ин указывает на принадлежность роду, то есть буквально «сын Мордака». Таких фамилий от прозвищ с уменьшительными и увеличительными суффиксами в России множество, и Мордакин стоит в одном ряду с ними.