Фамилия Мардакин — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа — «Мардак» — может восходить к нескольким источникам, и выбор между ними зависит от того, в какой среде фамилия формировалась: крестьянской, духовной или тюркоязычной.

Проще всего объяснить фамилию через уменьшительную форму крестильного имени Мардарий (в просторечии — Мардак). Мардарий — имя греческого происхождения, в святцах встречается редко, но в некоторых регионах России (например, в Поволжье) могло бытовать. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «Мардакин» означает «сын Мардака». Если это так, то предок носителя фамилии был крещёным человеком, носившим редкое церковное имя.

Однако есть и другая версия, более вероятная для южных и восточных регионов. Корень «мард» в тюркских языках означает «мужчина», «человек», а «-ак» — уменьшительный суффикс. В таком случае Мардак — это прозвище, которое могли дать коренастому, крепкому мужчине или, наоборот, невысокому, но бойкому человеку. В русской среде, особенно в смешанных с тюрками областях (например, в бывшем Казанском ханстве, на Урале, в Оренбуржье), такие прозвища легко превращались в фамилии. Подтверждает эту версию и то, что фамилия Мардакин встречается в Башкортостане, Татарстане и соседних областях, где тюркский языковой слой был мощным.

Третья, менее популярная гипотеза связывает основу с арамейским «мар» (господин) — но это скорее экзотика, так как для русской фамилии такой корень нехарактерен и не подкреплён географией.

Таким образом, у фамилии Мардакин два равноправных пути: либо через редкое церковное имя, либо через тюркское прозвище, описывающее внешность или характер. Скорее всего, в разных семьях Мардакиных эти пути не пересекались — фамилия возникла независимо в разных местах. Однофамильцы из Рязанской губернии могли «выйти» из Мардария, а из-под Уфы — из тюркского прозвища. Разобраться точнее помогли бы архивные записи о конкретном предке.