Фамилия Мардаков — довольно редкая, но с прозрачной и неожиданной внутренней формой. Её основа — слово «мардак», которое в русских говорах, особенно южных и рязанских, означало «невысокий, коренастый человек» или, по другим данным, «упрямец, грубиян». Это прозвище по внешности или характеру, причём в основе лежит тюркское «марда» — «мужчина, молодец», но в русском языке слово приобрело ироничный или даже уничижительный оттенок: «мужичонка, недоросток». Суффикс -ов указывает на стандартную патронимическую модель: Мардаков — сын Мардака.

В ономастике фамилия интересна тем, что её корень не связан с крестильным именем, а целиком уходит в народную лексику. В отличие от фамилий на базе тюркских «Мардан» или «Мардарий», здесь нет религиозного подтекста. Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище Мардак за свой небольшой рост или за строптивый нрав — и это прозвище закрепилось в документах, превратившись в фамилию.

Исторически Мардаковы — это не дворянский род, а крестьянская или мещанская фамилия. В переписных книгах XVII–XVIII веков она встречается в основном в центральных и южных губерниях России: Рязанской, Тамбовской, Воронежской. Там, где русский язык активно контактировал с тюркскими наречиями, такие прозвища были в ходу. Интересно, что в ряде говоров «мардак» могло означать ещё и «небольшая рыба, пескарь», что добавляет третью, чисто бытовую версию происхождения — прозвище рыбака или человека с рыбьей хваткой.

В XX веке фамилия не стала массовой, но сохранилась в тех же регионах. Носители фамилии Мардаков — это потомки тех самых коренастых, своенравных людей, чьё прозвище стало родовым знаком. Сегодня она звучит необычно, но её значение не стоит воспринимать как обидное: в старину прозвища давали метко, без злого умысла, и они просто фиксировали заметную черту человека.