Фамилия Моркотун — одна из тех, где прозвище-основа настолько яркое, что почти не оставляет сомнений в своём происхождении. Её разгадка лежит не в крестильном имени, а в глагольной форме и диалектной лексике.

В основе фамилии — древнерусское или украинское слово «моркотун». Корень здесь — «морк-», родственный глаголам «моргать», «мороковать» (понимать, разбираться, а в некоторых говорах — бормотать, говорить невнятно). Суффикс «-ун» в восточнославянских прозвищах типичен для названий людей по характерному действию: бегун, крикун, ворчун. Соответственно, Моркотун — это человек, который «моркочет», то есть бормочет, говорит себе под нос, или же, по другой версии, тот, кто постоянно щурится, моргает. В украинском языке слово «моркотіти» означает именно ворчать, бурчать, что делает версию о ворчливом или неразговорчивом предке наиболее убедительной.

Фамилия эта — редкая. Её географическая привязка, судя по современным данным, тяготеет к южнорусским областям и Украине. Модель образования без патронимического суффикса (-ов, -ев, -ин) указывает на то, что прозвище закрепилось как фамилия на раннем этапе, возможно, в казачьей или крестьянской среде, где прозвища часто переходили в фамилии в «чистом» виде. В официальных документах Московского государства или Речи Посполитой XVI–XVII веков такое прозвище могли записать за крестьянином или реестровым казаком, который выделялся своей манерой речи или поведения.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Моркоту́н, что соответствует акцентологической норме для слов с суффиксом «-ун». Встречающееся изредка написание через «а» (Маркотун) может быть следствием акающего произношения или случайной описки в документах, но исходная форма именно с «о». Таким образом, предок носителя фамилии Моркотун — человек, получивший прозвище за привычку ворчать, бормотать или невнятно говорить, и это прозвище стало родовым именем.