Фамилия Морковкина образована от мирского имени Морковка — так на Руси нередко называли человека, не спрашивая его согласия, а просто замечая какую-то особенность. Вопреки ожиданиям, связь с огородной культурой здесь не прямая, а метафорическая. Морковкой могли прозвать рыжеволосого человека — за яркий, заметный цвет волос, который трудно было не выделить среди остальных. В старину такие прозвища давали не в обиду, а как отличительную черту, по которой человека узнавали в деревне. Потомок того, кого звали Морковкой, со временем получил фамилию Морковкина — по той же модели, по которой от прозвища Коса образовалась фамилия Косин, а от Зайца — Зайцев.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Морковкина буквально означает «дочь или жена Морковки», а сам Морковкин — «сын Морковки». Такая схема характерна для северных и центральных русских земель, где фамилии с -ин встречались чаще, чем на юге, отдававшем предпочтение -ов.

Стоит разобраться и с самим корнем. В ономастике имя Морковка могло иметь и второе значение — так иногда в шутку называли человека маленького роста или плотного телосложения, сравнивая его с коротким корнеплодом. Но версия с рыжими волосами выглядит правдоподобнее: цвет моркови — самый узнаваемый её признак, и именно он чаще всего бросался в глаза при прозвище. В словаре русских личных имён и фамилий, составленном ведущими ономатологами, подобные «овощные» прозвища отмечаются как вполне обычное явление, хотя и не самое частое.

Написание фамилии с буквой -а на конце указывает на женскую форму, тогда как мужской вариант — Морковкин. В документах и метрических книгах XIX века встречаются обе формы, и это нормально: до определённого времени фамилии не были жёстко закреплены, и одну и ту же семью могли записывать по-разному. Встречаются и однокоренные фамилии — Морковников, Морковин, — но они образованы от разных основ: в первом случае от названия профессии или блюда, во втором — от того же прозвища, но с другим суффиксом.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Морковкины встречались и среди крестьян, и среди мещан. В основном фамилия бытовала в средней полосе России, в районах, где огородничество было привычным делом, но точной географической привязки к одному региону не имеет. Известных исторических личностей с этой фамилией в справочниках не значится, что неудивительно — такие фамилии чаще оставались в народной среде, не попадая на страницы больших биографий.