Фамилия Моршинин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, географическое название или прозвище, связанное с местностью. В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Моршинин, то есть сын или потомок Моршины. Сама основа «Моршин» могла возникнуть от названия реки, озера или поселения. В России есть несколько топонимов с корнем «Морш-»: река Морша в Тамбовской области, город Моршанск, а также ряд деревень с названием Моршино в разных регионах — от Вологодчины до Урала. Человека, который жил на такой реке или приехал из Моршина, могли прозвать Морша, а его сына — Моршинин.

Вторая, менее очевидная версия отсылает к диалектному слову «морша» — в некоторых говорах так называли морщину, складку, неровность на лице или на теле. Прозвище Морша могли дать человеку с заметной морщиной или хмурому, насупленному. В этом случае фамилия образована по той же модели, что и, например, Горбинин (от «горб») или Щербинин (от «щербина»).

Интересно, что фамилия Моршинин практически не встречается в центральных областях России, зато фиксируется в северных и северо-восточных регионах — в Архангельской, Кировской областях, в Пермском крае. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от названия поселения: в этих краях есть несколько заброшенных и существующих деревень Моршино. В ономастических справочниках фамилия не получила широкого разбора, что делает её особенно ценной для локальной истории — каждый носитель Моршининых, скорее всего, ведёт род из конкретного места на карте Русского Севера.