Фамилия Морцун — редкий случай, когда прозвище почти не изменилось за века и сохранило свою исходную звуковую форму. В ней нет патронимических суффиксов -ов, -ин или -ский, которые обычно превращают имя или прозвище в фамилию. Морцун — это и есть готовое прозвище, которое закрепилось за родом без дополнительных переделок. Такие «голые» фамилии чаще встречаются на Украине и в южных областях России, где суффикс -ун особенно продуктивен.

Основа фамилии — глагол «морцевать» или диалектное «морцовать». В разных говорах это слово означало «моргать», «щуриться», «прищуривать глаза». Человек, который часто щурился, моргал или имел привычку прикрывать глаза, легко получал прозвище Морцун. Суффикс -ун в русских и украинских прозвищах обычно указывает на деятеля, склонного к действию: говорун, ворчун, крикун. Морцун — тот, кто моргает или щурится. Версия не экзотическая, а самая прямая и логичная.

Существует и вторая, менее вероятная гипотеза: связь с польским словом morzec — «морж». В этом случае Морцун могло быть прозвищем человека, похожего на моржа — возможно, крупного, усатого или любящего холодную воду. Однако эта версия слабее: для польского влияния нужны основания в виде географической близости к бывшим польским землям, а фамилия Морцун фиксируется преимущественно в украинских и южнорусских регионах, где «морж» — слово книжное, а не бытовое.

Фамилия недворянская, крестьянская или казачья. В реестрах запорожских казаков и в метрических книгах XVIII–XIX веков Морцуны встречаются на Черниговщине и Полтавщине. Это объясняет и форму без суффиксов: на этих территориях прозвища часто переходили в фамилии напрямую, минуя стандартные патронимические модели. Поэтому Морцун — не «сын Морца», а сам Морцун, человек, которого так прозвали за особенность глаз или манеру смотреть.