Фамилия Моржаухина — женская форма от Моржаухин, и её разбор стоит начать с необычного суффикса. В русских фамилиях распространены суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский, а вот -ухин встречается гораздо реже. Он характерен для северных и северо-западных говоров, особенно для новгородских, псковских и архангельских земель. Суффикс -ух- (а затем -ин) образовывал фамилии от прозвищ с уменьшительно-уничижительным или, наоборот, шутливым оттенком: «Моржауха» — так могли назвать человека, который походил на моржа либо поведением, либо внешностью.

Основа «морж» здесь прозрачна. Морж — крупное морское животное, обитатель северных морей. Прозвище Моржауха мог получить человек грузный, неуклюжий, с крупным телосложением или с заметными усами (усы моржа — его яркая примета). В поморской среде, где охота на моржа была промыслом, прозвище могло закрепиться за опытным зверобоем или за тем, кто чем-то запомнился в связи с этим зверем. Фамилии с корнем «морж» встречаются в Архангельской, Мурманской областях и в Карелии — регионах, где морж был частью быта и фольклора.

Есть и менее очевидная версия: связь с диалектным глаголом «моржать» — щуриться, моргать. В некоторых говорах «моржа» — это близорукий или подслеповатый человек. Тогда Моржауха — тот, кто постоянно щурится. Но эта гипотеза слабее, потому что прямое значение «морж» как животного более употребительно и даёт понятную мотивацию для прозвища.

Окончание -а в мужской форме Моржауха (а не Моржаух) указывает, что фамилия могла образоваться от прозвища, а не от крестильного имени. Такие «акающие» фамилии нередки на Русском Севере, где фамилии на -ихин и -ухин фиксировались уже в XVI–XVII веках. Встречается ли фамилия Моржаухин за пределами России — сказать трудно, но её редкий суффикс и корень почти наверняка привязывают носителей к поморскому или северорусскому корню.