Фамилия Мошкорин — яркий пример того, как прозвище, данное одному человеку, закрепилось за целым родом. Её основа — слово «мошкара» или «мошка», но не в современном значении «назойливое насекомое», а в старом, диалектном. В тверских, псковских и новгородских говорах «мошкарой» или «мошкой» называли мелкую рыбешку, малька. Соответственно, прозвище Мошкара или Мошкоря (с суффиксом -ор-, как в «мотора», «потеха») мог получить заядлый рыбак, торговец мелкой рыбой или человек маленького роста и щуплого телосложения, которого сравнивали с мальком.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей сын?» — Мошкорин. Первоначально это было отчество от прозвища Мошкора или Мошкоря. В отличие от более распространённых фамилий на -ов, форма на -ин характерна для основ, оканчивающихся на -а/-я, что и подтверждает наш случай. Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: чаще всего встречается в бывшей Новгородской губернии, а также в соседних Тверской и Псковской областях, что совпадает с ареалом диалектного слова «мошкара» в значении «рыбная мелочь».

Есть и вторая, менее вероятная, но не исключённая версия: связь с корнем «мох» (мошок, мошка — «моховое болото»). В этом случае прозвище Мошкора могли дать человеку, жившему у болота или на мшистой земле. Однако эта гипотеза слабее, так как слово «мошка» в значении «мох» в русских говорах почти не фиксируется, а вот рыболовная терминология для прозвищ — обычное дело. Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским: фамилия не аристократическая, а суффикс -ин в таких фамилиях типичен для «простого» люда. В дореволюционных метрических книгах Мошкорины встречаются в основном среди государственных крестьян и ремесленников.