Фамилия Москольонов — редкий случай, когда сразу бросается в глаза необычная основа. В русских фамилиях часто встречаются корни, связанные с ремёслами, внешностью или животными, но «Москол» — слово, которое в современном языке почти не употребляется. Чтобы понять, откуда оно взялось, нужно заглянуть в историю диалектов и прозвищ.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Москол. В южнорусских и украинских говорах «москолём» или «москалём» называли выходца из Московского государства, солдата-москвича, а иногда и просто человека с севера. В украинском языке слово «москаль» стало нарицательным, но фамилия Москольонов, с суффиксом -онов, указывает на отчество от формы «Москол» (а не «Москаль»). Вероятно, предок носителя фамилии получил прозвище за связь с Москвой или за службу — например, был стрельцом, переселенцем или торговцем из московских земель.

Суффикс -онов — вариант более распространённого -ов, но с историческим чередованием. В русских фамилиях от основ на мягкий согласный или на -ль часто появляется -ев или -онов: ср. Козлов — Козлонов (редко), или от имени Михаил — Михайлов. Здесь основа «Москол» даёт закономерное «Москольонов», то есть «сын Москола». Такая модель встречается нечасто, что делает фамилию заметной на фоне типичных московских фамилий вроде Москвин или Москалёв.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «москол» — так в некоторых тюркских языках называли брусок для точки кос или точильный камень. Если принять эту гипотезу, прозвище мог получить точильщик или кузнец. Но против неё говорит географическая привязка: фамилия встречается в центральных областях России, где тюркские заимствования редки в прозвищах, а вот «москаль» — слово широко известное.

География фамилии узкая. По данным открытых источников, Москольоновы живут в основном в Поволжье и на Урале — в Самарской, Оренбургской областях, Башкортостане. Это косвенно подтверждает версию о переселенцах: в XVII–XVIII веках московских служилых людей и крестьян направляли на освоение южных и восточных рубежей, где прозвище «Москол» могло закрепиться как фамильное.

Фамилия не дворянская, не княжеская — её носители, скорее всего, были из крестьян или мещан. В документах XVIII–XIX веков Москольоновы не значатся среди именитых родов, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён.