Фамилия Москальонова — женская форма фамилии Москальонов. В основе её лежит прозвище или мирское имя Москальон, а то, в свою очередь, восходит к слову «москаль». В русском языке так называли выходца из Московского государства, москвича. В XIX веке в южных и западных губерниях Российской империи, а также в украинском и белорусском просторечии слово «москаль» приобрело ироничный или пренебрежительный оттенок — им обозначали солдата, служивого, «московского военного». Поэтому предок носителя этой фамилии мог быть или пришлым с севера, или отставным солдатом, осевшим на новом месте.

Словообразовательная модель фамилии двойная: сначала к основе «москаль» добавили увеличительный или пренебрежительный суффикс -он, получив прозвище Москальон (буквально «большой или грубый москаль»), а затем к этому прозвищу — стандартный патронимический суффикс -ов. Фамилии на -ов типичны для центральной России, Поволжья и севера. Однако географическое бытование фамилии Москальонов может указывать на южнорусские или украинские корни: именно в тех краях слово «москаль» было ходовым, а фамилии с суффиксом -он встречаются чаще, чем в чисто великорусских областях.

Спорных версий здесь немного. Иногда «москалём» в диалектах называли не человека, а вид растения или животного, но для фамилии такая зоологическая или ботаническая основа маловероятна — прозвища по этническому или социальному признаку были куда распространённее. Менее правдоподобна связь с польским moskal (житель Московии) — фамилии на -ов в польской традиции редки, так что версия о русском или украинском происхождении остаётся основной.

Известных носителей фамилии Москальонова в истории немного, и это не умаляет её ценности: она чётко маркирует социальный или географический статус предка. В советское время фамилия могла восприниматься как неблагозвучная из-за негативного оттенка корня, но сегодня это лишь редкое и выразительное свидетельство того, как в крестьянской среде давали прозвища «по месту» или «по службе».