Фамилия Москальчукова принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвищ или названий народов. Её основа — слово «москаль», которым на Украине, в Белоруссии и Польше исторически называли русских, особенно москвичей или солдат из центральной России. Прозвище «Москаль» могло закрепиться за человеком, который пришёл из московских земель, служил в царской армии или говорил с характерным северным говором. В некоторых случаях «москалем» называли человека, который перенимал московские обычаи или одежду, что в местной среде воспринималось как отличительная черта.

Суффикс -чук- в основе указывает на западнорусское или украинское происхождение фамилии. Формант -ук/-юк, -чук характерен для фамилий, образованных от имени или прозвища отца: Москальчук — буквально «сын Москаля». Женская форма Москальчукова возникла уже в русской грамматической традиции, когда фамилию на -ук/-чук склоняли по образцу прилагательных. Таким образом, носительница фамилии — потомок того самого Москальчука.

Встречаются и альтернативные версии, хотя они менее убедительны. По одной из них, фамилия могла возникнуть от топонима Москальчуки — названия деревни или хутора, где жили выходцы из Москвы. Но в ономастических справочниках такой населённый пункт не зафиксирован, так что версия с прозвищем остаётся основной.

Географически фамилия Москальчук (и её производные) чаще всего встречается в западных регионах России, на юге Сибири и в восточной Украине. В XIX веке носители фамилии были преимущественно крестьянами или мещанами, а само прозвище не несло уничижительного оттенка — скорее указывало на происхождение или род занятий. Интересно, что в некоторых говорах слово «москаль» могло означать не только русского, но и «хитреца» или «ловкача», что добавляет фамилии дополнительный смысловой оттенок.