Фамилия Мотяйкин — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, по сей день живёт в народной речи. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «мотяйкать» — болтать, качать, шевелить чем-то свободно, а также «мотяй» — вялый, мешковатый человек, который ходит вразвалку. Таким образом, Мотяйкин — это потомок человека, которого дразнили Мотяем: либо за медлительную походку, либо за нерешительный, «разболтанный» характер. Версия, что прозвище дали тому, кто постоянно «мотыляет» (трясёт, болтает) руками или языком, тоже не лишена оснований.

Словообразовательная модель типична для русского Севера и северо-востока: суффикс -ин образует фамилию от основы на -яй (Мотяй → Мотяйкин). Сравните: Лентяйкин, Гуляйкин, Бродяйкин. Все они указывают на устойчивое свойство человека, а не на профессию или имя. Мотяй — не календарное имя, а чисто бытовое прозвище, поэтому фамилия эта крестьянская, а не дворянская. Встречается она прежде всего в Поволжье и Кировской области — там, где диалектное слово «мотяй» было в ходу.

Иногда Мотяйкиных путают с Мотайкиными — но это разные корни. Мотайка — от «мотать» (наматывать, сматывать), а Мотяй — от вялости и раскачивания. Фамилия Мотяйкин не получила широкого распространения, её носители — это, скорее всего, потомки одной или нескольких семей из Вятской губернии. В дореволюционных метрических книгах она встречается редко, что подтверждает её локальный характер.

Искать в фамилии Мотяйкин какой-либо социальный статус или древнюю историю не стоит. Это чисто народное прозвище, отражающее наблюдательность и ироничный склад ума крестьян, которые метко награждали соседей ёмкими кличками.