Фамилия Мозжорин образована от прозвища Мозжора. В его основе, скорее всего, лежит глагол «мозжить», который в старых говорах означал «бить, толочь до раздробления». Это слово родственно «мозжить» в значении «ломать, дробить кости», а также «мозг» — как мягкая ткань внутри кости. Человек, которого называли Мозжорой, вероятно, занимался делом, связанным с толчением или дроблением чего-либо. Это мог быть аптекарь, растиравший в ступе снадобья, мельник, толокший зерно, или мастер, готовивший краски и порохи. Впрочем, прозвище могло закрепиться и за человеком с тяжелой рукой, который «мозжил» противников в драке, — но профессиональная версия выглядит правдоподобнее: прозвища по ремеслу были распространены повсеместно и легко приживались в качестве основного именования.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Мозжорин — это «сын Мозжоры», потомок человека с таким прозвищем. Модель образования простая и типичная для русских фамилий: прозвище на -а/-я (Мозжора) плюс притяжательный суффикс -ин. Такая схема чаще встречалась в северных и центральных русских землях, где бытовали прозвищные формы с окончанием на гласный. Однокоренные фамилии — Мозжухин, Мозжерин, Мозжеров — встречаются реже, но все они восходят к тому же глаголу «мозжить» и его производным.

Интересно, что в письменных источниках фамилия почти не фиксируется до XIX века. Это говорит о том, что она бытовала в крестьянской или мещанской среде, где фамилии закреплялись позже, чем у дворянства. В документах переписей и метрических книг Мозжорины могли записываться как Мозжеровы или Мозжурины — из-за диалектного произношения и неграмотности писарей. Сама форма Мозжора звучит как типичное прозвище-характеристику: короткое, ёмкое, с уменьшительно-пренебрежительным оттенком, который со временем стёрся, оставив лишь нейтральное родовое имя.

Версия о происхождении от глагола «мозжить» — основная, но не единственная. В некоторых говорах «мозжора» могло означать ворчуна или нытика — человека, который «мозжит» (нудит, жалуется). Однако эта гипотеза слабее: глагол в таком значении встречается реже и позже, а профессиональное толкование лучше объясняет, почему прозвище закрепилось за родом деятельности. Так или иначе, фамилия Мозжорин — редкий пример прозвища, которое не ушло в небытие, а сохранилось в виде родового имени, напоминающего о ремесле или характере далёкого предка.