Фамилия Мозжерина происходит от прозвища Мозжера, которое, в свою очередь, связано с глаголом «мозжить» — то есть бить, толочь до раздробления. Но за этим простым, на первый взгляд, корнем скрывается сразу несколько разных человеческих характеров, и понять, какое именно значение вкладывали в прозвище предки конкретной семьи, без знания их родного края почти невозможно.

В основе лежит образ действия. Человек, который «мозжит» — работает грубо, с усилием, дробит, ломает. Отсюда первая версия: прозвище могли дать силачу или тому, чья работа была связана с разбиванием, толчением — например, камнетесу, мельнику или изготовителю круп. Но у того же корня есть и вторая, противоположная трактовка: неуклюжий, неловкий человек, который всё ломает и портит, тоже мог получить такую кличку. В пермских говорах, однако, зафиксировано и третье, совсем иное значение — «скряга, скупец». Смысловой разброс значительный, но все три варианта укладываются в логику народной этимологии: прозвище всегда биологически точно описывало главную черту человека — манеру работать, двигаться или обращаться с деньгами.

Сама фамилия образована по простой притяжательной модели: Мозжера → Мозжерин → Мозжерина. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Мозжеры, дочь Мозжеры. Это одна из древнейших и самых распространённых в северорусских землях форм, поэтому фамилия Мозжерина, скорее всего, имеет северное или уральское происхождение, что косвенно подтверждается и пермской диалектной привязкой прозвища. В этом же ряду стоят однокоренные фамилии Мозжин, Мозжухин, Мозжаров — все они восходят к одному гнезду слов, но разошлись по разным говорам и семьям.

Итоговая версия происхождения зависит от того, кем был первый носитель прозвища. Если он жил на Урале или в Прикамье — скорее всего, речь о скупом хозяине. Если в центральной России — о человеке с тяжёлой рукой либо неловком. В любом случае фамилия Мозжерина — не от имени, а от прозвища, и это делает её ценной для историка: она сохранила в себе не абстрактный календарный антропоним, а живую бытовую характеристику, которую дали реальному человеку несколько веков назад.